Для того чтобы перенести портал с windows на linux, обычно достаточно перекодировать названия файлов.
Перейдем в домашнюю директорию Битрикс:
Посмотрим какие файлы будут перекодированы:
Иногда нужно переносить портал без ядра, для этого создадим резервную копию без ядра. Для этого нужно перейти на вкладку "Создание резервной копии"(Рабочий стол > Настройки > Инструменты > Резервное копирование > Создание резервной копии). После нужно включить экспертные настройки создания резервной копии, затем отключить архивирование ядра. Теперь после нажатия кнопки "Создание резеврной копии", наша копия будет без ядра.
Остается только развернуть портал, обновить его, стандартно восстановить портал из бэкапа созданного ранее(Предварительно нужно его скопировать в директорию /home/bitrix/www/bitrix/backup/).